Après son combat et sa victoire sur Mewtwo, Sacha et Auguste repartent chaqu’un de leur coté. Auguste et la Master ball de Mewtwo repartent probablement pour Cramois’île et Sacha part pour le plateau indigo.
En route, pour la forêt de Jade, notre héros capture un Minidraco qui menaçais une fillette. Il apprend à cette même fillette comment devenir un dresseur de Pokémon. Après plusieurs attaques de Pokémon n’ ayant rien à faire dans la forêt de Jade, Sacha part affronter le champion de Jadielle.
Arrivé là-bas, le jeune dresseur se retrouve façe à un dresseur surentrainé ; Giovanni le champion Pokémon de Jadielle mais aussi le boss de la Team Rocket.
Après que Giovanni lui est proposé de devenir son bras droit et après qu’il lui ait donné de nombreuses leçons sur les combats Pokémon ; Sacha et Giovanni se lancent dans un combat redoutable.
Notre héros, après avoir été plusieurs fois en difficulté, sort vainqueur de ce redoutable duel et repart au plateau Indigo. Au plateau Indigo, la ligue Pokémon, Sacha rettrouve Régis et Olga. Les trois jeunes dresseurs arrivent à franchir les éliminatoires tout comme le mystérieux Docteur « O ».
Par la suite ce mystérieux personnage est démasqué et l’on découvre que c’était en fait le professeur Chen qui voulait donner une leçon de morale à Olga. La finale est donc entre Sacha et Régis. Après un duel entre Florizarre et Dracaufeu et de magnifiques démonstrations de chaque côté, Sacha finit par remporter le match grâce à ses trois amis, Tartard, Pikatchu et Florizarre.
A la fin nos trois héros repartent encore une fois dans des directions encore et toujours opposées mais le tôme se finit sur l’apparition et la disparition de Mew